Laboratoire, pangolins, chauve-souris ou une combinaison des deux… La question de l’origine du coronavirus continue d’attiser la curiosité des chercheurs du monde entier. Une énigme d’autant plus difficile à résoudre que les coronavirus ont la faculté de se recombiner, rendant l’identification de son origine compliquée. Les chercheurs ont dû reconstruire l’historique de ces recombinaisons pour comprendre le cheminement du virus et de ses évolutions. Ils ont publié leurs résultats mardi 28 juillet dans la revue Nature Microbiology.

Le pangolin, un simple hôte intermédiaire

Ce travail de reconstruction du virus et de ses métamorphoses a permis aux chercheurs de conclure que la lignée à laquelle ce coronavirus appartient s'est différenciée des autres il y a environ 40 à 70 ans. Si le SARS-CoV-2 est génétiquement similaire à 96% du RaTG13, un betacoronavirus provenant de la chauve-souris Rhinolophus affinis, originaire de la province chinoise du Yunana et identifié en 2013, il s’en est écarté depuis 1969. Les chercheurs se sont également rendu compte que le SARS-CoV-2 partage avec ses parents  une caractéristique lui permettant de se lier aux récepteurs à la surface des cellules humaines. Cette découverte laisse penser que d'autres virus susceptibles d'infecter les humains circulent depuis longtemps chez les chauves-souris chinoises.

Dans cette histoire, il manque le pangolin, qui serait le transmetteur direct du virus aux humains. Ce dernier ne serait en réalité qu’un hôte intermédiaire. L’étude suggère d’ailleurs que le rôle du pangolin n’est pas essentiel pour que le SARS-CoV-2 se transmette aux humains et que le virus aurait très bien pu passer de la chauve-souris aux humains. Grâce à ses propriétés, le nouveau coronavirus a la capacité de se répliquer dans les voies respiratoires supérieures des humains et des pangolins.

Anticiper les futures pandémies

Les chercheurs estiment que la crise sanitaire actuelle ne sera pas isolée et qu’il faut anticiper les futures pandémies potentielles. “Ce ne sera pas notre dernière pandémie de coronavirus , prévient Macej Boni, biologiste à l’université de Penn State (États-Unis), dans un communiqué.  Un système de surveillance beaucoup plus complet et en temps réel doit être mis en place pour maîtriser ce type de virus avant que le nombre de cas atteigne la centaine.” Ce dernier, ainsi que d’autres, militent pour un meilleur échantillonnage des chauves-souris sauvages afin de mieux identifier les futurs risques de contaminations.

Les potentielles nouvelles pandémies sont liées à nos modes de vie. Comme le note The Conversation, la multiplication des activités d’élevage non loin d’espaces dédiés à la protection de la nature augmente les contacts entre animaux sauvages et domestiques. Le boom de la démographie humaine, qui conduit à réduire les milieux naturels, et l’intensification de l’élevage à proximité des zones urbaines a renforcé les risques de transmission interespèces. Un exemple récent concerne l’encéphalite japonaise en Asie du Sud-Est qui est due à la combinaison de l’augmentation de l’irrigation des rizières, de l’élevage et de la démographie humaine.