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Coronavirus : la Covid-19 n’est pas qu’une infection virale du poumon
Coronavirus : la Covid-19 n’est pas qu’une infection virale du poumon
Publié le 06.05.2020
Mise à jour 02.07.2020
Mots-clés :
Coronavirus : la Covid-19 n’est pas qu’une infection virale du poumon
Maksim Tkachenko/istock

Covid-19 et coronavirus : DIAGNOSTIC

Quand faut-il évoquer une Covid-19 ?

Il faut suspecter une infection à coronavirus SARS-Cov-19 si surviennent progressivement une fièvre (ou une sensation de fièvre), une grande fatigue et une toux sèche environ 5 à 14 jours après un contact avec une personne potentiellement infectée et surtout si c’est en dehors d’une période d’épidémie de grippe.
Mais de nombreux malades restent asymptomatiques (et non fébriles) ou peu symptomatiques (avec un simple « rhume ») alors qu’ils sont contaminants : il est donc possible d’avoir une infection Covid-19 sans le savoir et c’est le principal intérêt de porter un masque pour ne pas contaminer les autres si on est infecté sans le savoir.
Une particularité de cette infection serait la grande fréquence d’un trouble de l’odorat et du goût (près de 8 sur 10 dans certaines enquêtes), trouble qui est décrit au cours d’autres maladies virales, mais sans la même fréquence.
Des formes purement digestives ont également été décrites, avec des diarrhées prolongées, en particulier chez les enfants et les personnes âgées. Ces diarrhées seraient prolongées chez les personnes âgées ou immunodéprimées.
Des signes cutanés sont de plus en plus signalés : urticaire fugace, rougeur éphémère (« rash cutané »), acrosyndrome…, et correspondraient à des formes de lésion des petits vaisseaux sanguins cutanés par le virus (« vascularite »), mais il existe aussi des atteintes neurologiques et cardiaques spécifiques (encéphalite aiguë hémorragique, myélite, myocardite) ou non spécifique (décompensation d’une insuffisance cardiaque…).

Comment diagnostiquer une Covid-19 ?

L’interrogatoire permet d’orienter le médecin vers une infection rhino-pharyngée ou une pneumonie virale (fièvre, douleur et toux sèche, douleurs musculaires, fatigue, voire nausées, vomissements et diarrhées).
L'examen du thorax (bruit mat localisé à la percussion) et l’auscultation des poumons révèle des signes de congestion pulmonaire avec des bruits anormaux lors de la respiration douce : « râles crépitants », diffus et prédominant aux bases associés souvent à des bruits de frottements pleuraux, témoignant d'une pleurésie associée.
La radiographie du thorax révèle la présence d'un foyer infectieux bilatéral, mal défini, voire en verre dépoli, en cas de cause virale.
La prise de sang confirme la présence d'une infection avec syndrome inflammatoire (VS et CRP élevée) et baisse des globules blancs de type lymphocytes ("lymphopénie") en cas de cause virale (les polynucléaires peuvent s’élever, en particulier en cas de surinfection avec une bactérie ou en cas d’évolution vers un SDRA).
En cas de doute, un scanner du thorax peut être réalisé, qui objective des lésions diffuses de certaines régions des poumons, « en verre dépoli ». Un angioscanner peut être nécessaire pour faire le diagnostic différentiel avec une embolie pulmonaire dans les cas les plus difficiles (qui peut être associée dans la Covid-19).
L’examen des crachats ou des prélèvements dans le sang (« hémocultures »), n’est pas contributif en cas de suspicion d'infection virale (sauf pour éliminer une infection associée).
Les sérologies ne sont pas encore disponibles, l’analyse des prélèvements de mucus nasopharyngé ou bronchique par PCR fait actuellement le diagnostic (recherche de l’ARN viral par PCR). Peu après l'apparition des symptômes, la sensibilité du test PCR sur les écouvillons nasopharyngés semble être élevée, mais des faux négatifs peuvent se produire, avec une fréquence incertaine (environ 30% des cas). Si l'on soupçonne qu'une personne est atteinte de Covid-19 mais que le test par écouvillonnage nasopharyngé est négatif, il est nécessaire de répéter le test, surtout si la personne vit dans une zone où la transmission est active.
La plupart des tests PCR utilisés en France permettent de tester les écouvillonnages nasopharyngés, cependant, les laboratoires sont de plus en plus capables de tester des échantillons d'expectorations, de prélèvements buccaux et de voies respiratoires inférieures.
Les échantillons d'expectorations (ou d'aspirations endotrachéales de patients intubés) peuvent être plus faciles à obtenir en réanimation, et l'analyse des expectorations pourrait être plus sensible que l'analyse d'un écouvillon nasopharyngé dans certaines études allemandes. Mais, dans une étude, le test de ces écouvillonnages était moins sensible que le test des écouvillons nasopharyngés, en particulier à un stade plus avancé de la maladie
Une échographie thoracique permettrait de suivre l’importance d’un éventuel épanchement pleural en cas de « pleurésie ».

Comment avoir un diagnostic de certitude de la Covid-19 ?

Un test diagnostique développé par le centre national de référence des virus respiratoires (Institut Pasteur) et est progressivement de plus en plus disponible en France pour diagnostiquer cette infection par ce nouveau coronavirus.
La technique de laboratoire est spécifique (recherche de l’ARN viral par PCR) et est réalisée sur un écouvillonnage réalisé au fond du nez (nasopharyngé) dont le résultat peut être obtenu généralement en 24 heures.
Il existe cependant des « faux négatifs », c’est-à-dire que ce test manquerait le diagnostic de coronavirus dans environ 30% des cas.
Dans certains cas, quand la maladie évolue, le prélèvement nasopharyngé peut devenir négatif mais un prélèvement des voies respiratoires basses (lavage broncho-alvéolaire), réalisé sous fibroscopie bronchique protégée, peut rester positif.
Des tests sérologiques recherchant la présence d'anticorps anti-SARS-CoV-2 dans le sang sont de plus en plus disponibles. L'objectif est d'évaluer le nombre de personnes qui ont pu rencontrer ce virus et être plus ou moins immunisées.
En l’absence de disponibilité des tests diagnostiques, un diagnostic de Covid-19 a pu être posé sur l’aspect assez caractéristiques des images au scanner pulmonaire (« images en verre dépoli » qui correspondent à l’œdème inflammatoire) si elles sont associées à une CRP très élevée.

Intérêt des tests sérologiques par rapport à la PCR

Les tests sérologiques détectent les anticorps sériques circulants spécifiques du virus SARS-CoV2, des IgM qui témoignent d’une infection récente et des IgG qui témoignent d’une infection plus ancienne. Les anticorps sériques sont dirigés contre des protéines structurales du virus, soit la nucléocapside, soit la protéine d’enveloppe « Spike », très immunogène.
D’après les données de la littérature, les anticorps IgM apparaissent généralement à partir du 5ème jour après le début des symptômes et les IgG apparaissent ensuite entre le 7ème et le 21ème jour au moins (en médiane J5 pour les IgM et J14 pour les IgG). Les IgG sont présentes chez la majorité des patients après J28. Il faut noter une importante variabilité inter-individuelle des titres d’anticorps.
Avec un test dont la spécificité est élevée, la présence d’anticorps IgM indique que la personne a été infectée très récemment et la présence associée d’anticorps IgM et IgG témoigne d’une infection plus ancienne (les IgM sont ensuite appelé à disparaître en ne laissant que les IgG comme « cicatrice » immunologique). L’absence des anticorps sur deux tests réalisés à 15 jours d’intervalle indique que la personne n’a pas été infectée (à condition que la sensibilité du test soit élevée).
Néanmoins, des personnes appartenant à certaines populations (personnes âgées, personnes immunodéprimées…) pourraient ne pas développer d’anticorps malgré la survenue d’une infection. Le niveau de protection conféré en cas de détection d’anticorps n’est pas connu à ce jour et le caractère protecteur des anticorps anti-SARS-CoV-2 fait encore débat.
Il existe deux types de tests sérologiques : 1. Des tests rapides d’orientation diagnostique (TROD) individuels, qui peuvent détecter les IgM, les IgG ou la présence des deux sans les différencier. Les TRODs peuvent être réalisés à partir de sérum, de plasma ou de sang total prélevé par piqûre au bout du doigt. 2. Des tests immunochimiques en plaque (Elisa – tests moyen débit) ou en milieu liquide avec détection par chemiluminescence (tests haut débit sur automates fermés avec random access) qui détectent aujourd’hui les IgG, et bientôt les IgM. Les tests immunochimiques sont réalisés sur sérum ou plasma. L'intérêt de réaliser le test sur le sérum et le plasma est qu'il y a plus de liquide que dans le sang (où il y a les globules blancs et les globules rouge), ce qui rend la technique plus sensible.
Les tests sérologiques ne permettent pas de statuer sur la contagiosité des personnes, ni sur leur immunisation. La sérologie met en évidence la réponse du patient à une infection qui peut être au début de l’évolution en présence d’IgM seules, ou en fin d’évolution ou guérie en présence d’IgG, bien que des cinétiques d’évolution variables pour ces deux types d’anticorps aient été décrites.
La PCR met en évidence le génome (ARN) du SARS-CoV-2 dans les prélèvements biologiques mais un résultat positif ne permet pas de préciser si le virus est infectant ou pas. La PCR met en évidence une infection active chez un patient avec des signes cliniques, potentiellement contagieux.

Connaît-on la durée de la présence du virus dans le corps?

En analyse PCR-RT, l'infection par le SARS-CoV-2 a été confirmée dans l'analyse d'échantillons des poumons chez l’ensemble des patients. Parmi ces patients, 59% des acides nucléiques viraux ont été détectés dans les échantillons de selles et 41% dans les échantillons de sang (sérum).
Le taux de détection du SARS-CoV-2 dans les échantillons respiratoires a progressivement diminué, passant de 95% la première semaine de l'apparition des symptômes à 54% la quatrième semaine, les échantillons respiratoires ultérieurs ayant donné des résultats négatifs.
Parallèlement, le taux de détection dans les échantillons de selles et de sérum a progressivement augmenté à partir de la première semaine, puis a diminué à partir de la troisième semaine.
Les chercheurs ont également constaté que la durée médiane de présence du virus dans les échantillons respiratoires des patients atteints d'une maladie grave (21 jours) est significativement plus longue que celle des patients atteints d'une maladie légère (14 jours).
La durée de persistance du virus dans le corps est plus longue chez les malades de plus de 60 ans et chez les hommes.

Quelles sont les anomalies des examens biologiques ?

Lors de la Covid-19, et en particulier en cas de pneumonie, il existe un syndrome inflammatoire important avec VS et CRP élevées, associées à une augmentation du fibrinogène et de la ferritine. Ces paramètres peuvent être très élevés lors du fameux virage inflammatoire de la maladie avec le relargage cytokinique (« orage cytokinique ») quand la maladie infectieuse se transforme en maladie inflammatoire. Les dosages d’interleukine-6 sont alors à des valeurs très élevées mais, paradoxalement, pas aussi élevés que lors des syndrome de détresse respiratoire liés à d'autres causes.
Les globules blancs de type polynucléaires neutrophiles peuvent s’élever (« hyperleucocytose »), particulièrement lors de ce virage inflammatoire, alors qu'il existe souvent une baisse des globules blancs de type lymphocytes (« lymphopénie »).
Parallèlement, il existe un état d’hypercoagulabilité franc, avec hyperactivité des plaquettes avec un risque majeur de thrombose et ce risque semble être évalué par la mesure des D-dimères dans le sang.

Comment diagnostiquer un SDRA au cours de la Covid-19 ?

Le syndrome de détresse respiratoire aiguë, ou SDRA, est une complication décrite il y a peu d’années, assez hétérogène, mais plus inflammatoire qu'infectieuse. Il survient généralement au 7ème ou 10ème jour d’une agression pulmonaire, et en particulier au cours d’une infection. Il est le principal responsable du passage en réanimation des malades. Bien que beaucoup de malades jeunes aient un pronostic favorable en réanimation, les patients plus âgés et ceux qui souffrent de maladies chroniques sous-jacentes peuvent s’aggraver très rapidement et décéder.
Le SDRA se manifeste au cours de l’évolution de la pneumonie par une accélération majeure de la respiration (« tachypnée »), qui correspondrait à une tentative de compensation imparfaite de la baisse de la capacité des poumons à oxygéner normalement le sang, avec une baisse de l’oxygène dans le sang (« hypoxémie »). L’élévation de la fièvre serait annonciatrice de l’apparition de cet état, de même que l’élévation de la CRP au-dessus de 100, parallèlement à une élévation du fibrinogène, de la ferritine et des D-dimères, ainsi que par une lymphopénie et une augmentation de la lactate déshydrogénase dans le sang.
Cette atteinte bilatérale des poumons avec tachypnée et hypoxémie (baisse de la saturation en oxygène ou SaO2, souvent inférieure à 90%) peut rapidement évoluer vers un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) nécessitant une réanimation, avec un risque majeur de défaillance de la plupart des organes essentiels à la vie (cerveau, reins, cœur et foie) ou « défaillance multiviscérale », de coagulation intravasculaire disséminée (particulière car avec un risque de thrombose supérieur au risque d'hémorragie, et de décès.
Le rôle du SRAS-CoV-2 dans l’apparition du SDRA, n'est pas encore complètement compris mais il est sûr que ce syndrome est surtout inflammatoire et auto-immun. Le risque de développer un SDRA dépendrait d’un trouble, acquis au cours de l'infection, de la régulation du système immunitaire (où la diminution des lymphocytes jouerait un rôle). Dans une étude, un âge avancé est associé à la fois au développement du SDRA et au décès et les malades qui ont le plus de fièvre seraient également ceux qui auraient le plus de risque d'évolution vers un SDRA.
Ainsi, l'évasion du virus aux réponses immunitaires adaptatives normales (destruction des lymphocytes T CD3 et CD8), à partir du 7e jour, conduirait au recrutement excessif des polynucléaires neutrophiles (qui relèvent de « l’immunité innée », et donc non adaptative) par des cellules normalement présentes dans l’alvéole (macrophages, monocytes). Ce sont ces dernières qui, en l’absence des lymphocytes ad hoc en quantité suffisante pour les contrôler, recruteraient massivement toutes ces cellules encore disponibles contre le virus, et en particulier les polynucléaires neutrophiles. Des études ont, en effet, montré que les réponses de certaines sous-populations de lymphocytes T pourraient inhiber la suractivation de l'immunité innée au cours du SDRA.
Cette dérégulation des polynucléaires neutrophiles aboutirait à un relargage de protéines de recrutement des cellules immunitaires, les « cytokines » (TNF, IL1, IL6, IL8, IL10...), et c’est cet « orage cytokinique » qui conduirait au SDRA, puis par ricochet, à la défaillance secondaire des organes cibles et aux troubles de la coagulation avec « coagulation intravasculaire disséminée ».
La particularité du coronavirus est qu'il serait responsable d'un SDRA plus fréquent, avec des particularités ventilatoires et des troubles de la vascularisation de zones entières du poumon (effet-shunt) ce qui majore la mauvaise oxygénation du sang.
Des études sont en cours pour tester l'intérêt de différents traitements dans le SDRA, et en particulier les anticoagulants.

Est-ce que le virus a muté ?

Comme tous les virus, ce nouveau coronavirus a déjà muté, mais de façon très marginale, comme c’est habituel. Il n’y a pas de preuves actuelles pour une mutation pouvant rendre le virus plus dangereux.
En s’accoutumant à l’homme, les virus se débarrassent naturellement de ce qui ne leur sert à rien et on peut espérer que ces « délétions génétiques » enlèvent progressivement à ce virus ces caractéristiques les plus pernicieuses.
De son propre point de vue, "un virus n’a pas d’intérêt à tuer l’hôte qui l’héberge". Son unique objectif est de se reproduire et donc d’arriver à trouver un modus vivendi avec son hôte.

Quels sont les signes qui doivent conduire à une hospitalisation rapide ?

Il existe plusieurs sortes de tableaux cliniques associés au SARS-CoV-2 : la maladie asymptomatique (elle a touché près de 20% des personnes sur le paquebot Diamond Princess), la maladie banale (rhinopharyngite simple), la pneumonie non sévère, la pneumonie sévère avec baisse de la capacité d’oxygénation du sang (« pneumonie hypoxémiante »), le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), le sepsis et le choc septique, la coagulation intravasculaire disséminée et la défaillance multiviscérale.
La grande crainte est donc la survenue d’une forme grave de pneumonie Covid-19 et d’un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) ou d’un sepsis qui nécessitent une prise en charge en réanimation.
L’évolution péjorative d’une infection Covid-19 doit être suspectée devant une fièvre très élevée (supérieure à 40°C) ou au contraire très basse (inférieure à 35°C), des signes de difficulté respiratoires croissante avec accélération de la respiration (au-delà de 30 inspirations par minutes) s’accompagnant d’une accélération du pouls (supérieure à 125 par minute) témoignant d’une difficulté pour les poumons à oxygéner normalement le sang et les organes vitaux du corps, avec coloration de la peau en bleu (« cyanose »), troubles de la conscience, baisse de la pression artérielle avec de petites émissions d’urines (« petites miction »). Si l’on dispose d’un appareil de mesure de la saturation en oxygène, une baisse de la saturation en oxygène est également de très mauvais pronostic.
Chez les enfants, il faut se méfier d’une toux ou de difficultés respiratoires associées à l'un des signes suivants : cyanose, détresse respiratoire aiguë (geignement), signes de pneumonie avec un signe d'alarme : prise de boisson ou allaitement impossible, perte de connaissance ou convulsions.

Quels sont les taux de mortalité ?

Plus de 80% des malades ont des symptômes légers (rhinopharyngite, angine) ou n'en auraient aucun dans plus de 20% des cas.
Moins de 1% des enfants en-dessous de 9 ans et moins de 1% des adolescents de 10 à 19 ans sont tombés malades, avec des tableaux cliniques en général assez modérés.
L’essentiel de la mortalité de ces pneumopathies atypiques (qui surviendrait dans 10 à 20% des cas) concerne une population bien identifiée (étude des CDC chinois sur plus de 44 000 cas).
Jusqu'à 39 ans, le taux de mortalité serait de 0,2%. On passerait à 0,4% chez les 40-49 ans, 1,3% chez les 50-59 ans, 3,6% chez les 60-69 ans.
Par contre il serait de 8% chez les 70-79 ans, 14,8% au-delà de 80 ans
Au-delà de l’âge, se rajoute le risque d’une maladie associée : le taux de mortalité serait entre 6,3% et 10, 5% pour les personnes qui ont une autre maladie chronique (obésité, maladies respiratoires chroniques et maladies cardiovasculaires, respectivement).

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