Nous avons autant de micro-organismes dans nos intestins que de cellules dans notre corps. "Cet ensemble de bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes constitue notre microbiote intestinal (ou flore intestinale)", explique l’Inserm. Sa diversité est un gage de bonne santé, et selon une étude récente, manger des fruits et légumes contribue à la variété du microbiote. Les résultats de cette recherche sont publiés dans Gut Microbes. 

Comment analyser les effets des fruits et légumes sur le microbiote humain ? 

La notion de microbiote n’est pas réservée à l’humain : les animaux et les végétaux sont aussi colonisés par des micro-organismes. Mais la littérature scientifique s’est peu intéressée aux liens entre ces différents microbiotes. "On sait qu’une partie importante du microbiome maternel est transférée au bébé à la naissance, et la même chose se produit pendant la période d’allaitement via le lait maternel, précisent les auteurs en préambule de leur étude. D'autres sources restaient encore à découvrir." La découverte de celles-ci était l’objet de leurs travaux. Pour y parvenir, ils ont reconstruit les génomes de 156 fruits et légumes pour recenser les bactéries présentes, puis ils les ont comparé à près de 2.500 génomes d’intestins humains, tirés de l’analyse de selles. En parallèle, ils ont aussi utilisé les données concernant les habitudes alimentaires des individus ayant fourni les échantillons. "Grâce à ce vaste ensemble de données, la présence de microflore de fruits et légumes dans l’intestin a pu être démontrée", concluent les scientifiques de l’université de Graz, située en Autriche.

Microbiote et alimentation : nous sommes ce que nous mangeons 

Ils ont pu affirmer que la fréquence de consommation de fruits et légumes et leur variété influencent la quantité de bactéries dans l’intestin humain. "La preuve que les micro-organismes des fruits et légumes peuvent coloniser l'intestin humain a été établie pour la première fois", estime l’auteur principal de cette recherche Wisnu Adi Wicaksono. Selon lui, cela prouve les bénéfices de la consommation de fruits et légumes, en particulier pendant la petite enfance, sur notre flore intestinale. "La petite enfance représente une fenêtre d’opportunité pour la colonisation par des bactéries associées aux végétaux", note le chercheur et ses co-auteurs. Cette consommation a une influence positive sur le "développement du système immunitaire au cours des trois premières années de la vie, à mesure que le microbiome intestinal se développe pendant cette période". Mais même après cela, une bonne diversité de bactéries intestinales est bénéfique pour la santé. "Cela influence tout simplement tout, poursuit Gabriele Berg, co-directrice de l’étude. La diversité influence la résilience de l’organisme tout entier."

Ces travaux ont aussi permis de prouver que les micro-organismes d’origine végétale possèdent des propriétés probiotiques, bénéfiques pour la santé. Le terme pro-biotique désigne la capacité de ces aliments à enrichir la flore intestinale. 

Quelles sont les applications futures de cette étude sur le microbiote et les fruits et légumes ?

Gabriele Berg travaille d’ores et déjà sur une étude interventionnelle :  des personnes résidant dans trois continents différents vont manger exactement la même chose, pendant un certain temps, puis leurs selles seront analysées. Cela permettra d’observer les différences selon les individus. Mais pour cette spécialiste, différents secteurs d’activité peuvent être concernés par les résultats de cette étude, notamment la production alimentaire. "Le sol, les engrais et les pesticides affectent le microbiome des plantes", rappelle-t-elle. (…) Le stockage et la transformation des aliments doivent également être reconsidérés de manière critique." Mais cela pourrait aussi conduire à l’élaboration de recommandations particulières : "Chaque fruit et légume possède un microbiome unique. Alors peut-être qu’à un moment donné, un régime personnalisé pourra être élaboré sur cette base", conclut-elle.