Depuis le début de l’épidémie mondiale de Covid-19 il y a un an et demi, les recherches ont nettement progressé pour comprendre pourquoi certains patients présentaient des symptômes modérés de la maladie ou étaient asymptomatiques, tandis que d’autres développaient une forme grave qui nécessite une hospitalisation.

Si certains facteurs de risque augmentent le risque de forme grave de la Covid-19, des études ont aussi montré que les formes sévères de la maladie pouvaient résulter d’une anomalie génétique ou immunologique.

Une nouvelle étude, publiée dans la revue Diagnostics, vient encore apporter de nouvelles réponses. Selon ses auteurs, du département de médecine du Medical College of Georgia de l'université d'Augusta (États-Unis), le microbiote du nez et de la partie supérieure de la gorge contient probablement des biomarqueurs permettant d'évaluer le degré de maladie d'une personne infectée par le SARS-CoV-2.

Un microbiote nasal appauvri

Les chercheurs ont analysé le microbiote de 27 personnes âgées de 49 à 78 ans qui étaient négatives pour le virus, de 30 qui étaient positives mais ne présentaient aucun symptôme, et de 27 qui étaient positives et présentaient des symptômes modérés qui n'ont pas nécessité d'hospitalisation.

Ils ont alors constaté que la moitié des patients symptomatiques ne disposaient pas d’une quantité suffisante de microbiote pouvant être séquencé dans leur cavité nasopharyngée. À titre de comparaison, la grande majorité des patients positifs et asymptomatiques avaient encore un microbiote suffisant.

"Nous ne savons pas ce qui est arrivé en premier, la maladie ou l'éradication du microbiote", explique le Dr Sadanand Fulzele. Selon lui, le nez qui coule et les éternuements dû à l’infection pourraient avoir appauvri le microbiote même si à ce stade, il ne dispose pas de données suffisantes pour étayer cette théorie.

Présence de bactéries pathogènes chez les patients symptomatiques

Les chercheurs ont aussi constaté des différences dans le type de bactéries présentes dans le nasopharynx de personnes âgées de 65 ans et plus ou présentant des facteurs de risque d’hospitalisation ou de forme grave de la Covid-19.

L’infection au SARS-CoV-2 se produit lorsqu’une personne tousse, éternue ou parle, et que des aérosols portant le virus se déplacent dans l’air et entrent dans le nez ou la bouche d’une personne. Toutefois, la muqueuse humide du nasopharynx produit du mucus, qui constitue une barrière naturelle contre les agents pathogènes. La muqueuse contient aussi un nombre important de cellules immunitaires et de récepteurs ACE-2, auxquels la protéine spike du virus se lie.

Selon les chercheurs, l'altération du microbiote des patients symptomatiques a eu un impact sur leur réponse immunitaire au virus. Ainsi, les patients symptomatiques présentaient des niveaux significativement plus élevés d’espèces bactériennes comme Cutibacterium, une bactérie cutanée associée à l’acné mais aussi aux infections cardiaques et aux infections de l'épaule après une opération. Des niveaux élevés de cyanobactéries ont aussi été relevés. Aussi appelées algues bleu-vert, ces bactéries présentes dans les eaux contaminées pénètrent l’organisme par les muqueuses et peuvent provoquer des pneumonies et des lésions hépatiques. Les personnes qui présentaient des symptômes avaient deux fois plus de cette bactérie que leurs homologues asymptomatiques. 

Si la relation entre le microbiote nasopharyngé et la gravité de la Covid-19 reste inconnue, leur étude indique une "forte association" entre le microbiote nasal, l'infection par le SARS-CoV-2 et sa gravité, écrivent les auteurs, qui précisent que leur analyse a été réalisée avant l’arrivée des variants. Mais ces différences dans le microbiote s'appliqueront probablement aussi aux variants. Ils ont d’ailleurs commencé à les étudier.