Lorsqu’un agent pathogène (bactérie, virus ou parasite) circulant chez les vertébrés non humains se transmet à l’Homme, on parle de “zoonose”. Ce terme regroupe de nombreuses maladies très variées pouvant attaquer la sphère respiratoire (coronavirus, grippe aviaire, etc), le système nerveux (dengue, virus du Nil, etc) ou encore le système digestif (Ebola, virus de l’hépatite E, etc). Elles sont donc capables de provoquer des épidémies, voire des pandémies, comme celle du Covid-19 ! De par les nombreuses conséquences de ces zoonoses sur la santé publique, il était admis que les humains étaient des “puits de virus” plutôt que des sources. Mais ces nouveaux travaux publiés dans la revue Nature Ecology & Evolution prouvent l’inverse : les humains transmettent bien plus de virus aux animaux qu’on ne l’imaginait, dépassant largement ceux qu’eux-mêmes nous communiquent !

“Nous donnons plus de virus aux animaux qu’ils n’en donnent à l’humain”

“Les chercheurs spécialisés dans les maladies infectieuses savent depuis longtemps que nous donnons des virus aux animaux, remarque dans un communiqué Cedric Tan, étudiant en doctorat de biologie moléculaire à l’University College de Londres et premier auteur de l’étude. Mais ce qui est inattendu, c’est que nous donnons en fait plus de virus aux animaux qu’ils n’en donnent à l’humain !”

Pour en arriver à cette conclusion, l’équipe de recherche a analysé près de 12 millions de génomes viraux disponibles dans des bases de données publiques. En tirant parti de ces informations grâce à de nouveaux outils méthodologiques, ils ont pu reconstruire les histoires évolutives et les sauts d’hôtes passés de virus dans 32 familles virales. Les scientifiques en ont également profité pour rechercher quelles parties des génomes viraux ont acquis des mutations lors des sauts d’hôtes.

Au total, ils ont découvert qu’il y avait environ deux fois plus de sauts d'hôtes des humains vers les autres animaux que l’inverse. Plus précisément, ils ont identifié 2.904 changements d’hôtes, dont 79 % entre animaux non humains uniquement. “Les 21% restants concernaient des humains, dont 64 % d'humains à animaux et 36 % d’animaux à humains, précise le doctorant. Cela met en évidence l'impact considérable que nous avons sur l’environnement et les animaux qui nous entourent.”

Génome : que se passe-t-il lorsqu’un virus passe d’une espèce à l’autre ?

Autre information intéressante : les virus qui infectent déjà de nombreuses espèces animales différentes montrent des “signaux plus faibles” de ce processus adaptatif. Cela peut signifier que lorsque les virus ont une “large gamme” d’hôtes, c’est certainement parce qu’ils possèdent des caractéristiques intrinsèques leur permettant d’infecter tous ces hôtes, contrairement à d’autres virus qui doivent s’adapter en modifiant leur génome.

Surveiller la transmission des virus pour se préparer aux futures épidémies

“Lorsque les animaux attrapent des virus provenant des humains, cela peut non seulement nuire à l’animal et potentiellement constituer une menace pour la conservation de l’espèce, mais cela peut également causer de nouveaux problèmes pour les humains, [par exemple] en ayant un impact sur la sécurité alimentaire lorsqu’un grand nombre d’animaux d’élevage doit être abattu pour prévenir une épidémie, comme cela s'est produit ces dernières années avec la souche H5N1 de la grippe aviaire, avertit Cedric Tan. De plus, si un virus transporté par l’Homme infecte une nouvelle espèce animale, le virus pourrait continuer à prospérer même s’il est éradiqué parmi les humains, ou même évoluer, avant de finir par infecter à nouveau les humains.”

“Nous devrions considérer les humains comme un nœud dans un vaste réseau d’hôtes échangeant sans cesse des agents pathogènes, plutôt que comme un puits pour les maladies zoonotiques, a quant à lui déclaré le co-auteur, professeur François Balloux (UCL Genetics Institute). En surveillant la transmission des virus entre les animaux et les humains, dans les deux sens, nous pouvons mieux comprendre l’évolution virale et, espérons-le, être mieux préparés aux futures épidémies de nouvelles maladies, tout en contribuant aux efforts de conservation.”