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QUESTION D'ACTU

Co-infection

«Deltacron» : faut-il s’inquiéter de la fusion entre les variants Delta et Omicron récemment découverte ?

Ce week-end, des chercheurs chypriotes ont affirmé avoir identifié une souche qui combinerait les variants Delta et Omicron. Selon certains scientifiques sceptiques, cette co-infection, baptisée "Deltacron", serait une erreur de manipulation dans un laboratoire.

\ klebercordeiro/iStock

  • Publié le 10.01.2022 à 13h30
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L'ESSENTIEL
  • À Chypre, des scientifiques ont annoncé avoir identifié 25 cas de co-infections des variants Delta et Omicron.
  • Des experts sceptiques face à cette découverte ont suggéré qu’il s’agissait d’une erreur de manipulation dans un laboratoire.

Après le "Flurona", voici le "Deltacron". Il s’agirait d’un nouveau variant de la Covid-19, qui serait issu de la combinaison entre les variants Delta et Omicron. Cette souche a été découverte par une équipe de chercheurs de l’université de Chypre. "Il existe actuellement des co-infections Omicron et Delta et nous avons trouvé ce variant qui est une combinaison des deux". Ces propos, rapportés par l’agence Bloomberg, ont été tenus par Leondios Kostrikis, professeur à l'université de Chypre et chef du laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire, dans un entretien accordé à la chaîne locale chypriote, Sigma TV, le 7 janvier.

Interrogé par le quotidien Cyprus Mail, il a précisé que la souche "Deltacron" présentait un profil génétique proche de celui du variant Delta. "Nous avons trouvé un nombre important de mutations que l'on ne trouvait auparavant que dans les cas d'Omicron, qui est différent des autres variants car il comporte 30 mutations. Dix d'entre elles ont été identifiées dans les échantillons prélevés à Chypre", a détaillé Leondios Kostrikis.

25 cas de "Deltacron" identifiés à Chypre

Le professeur a spécifié que cette fusion entre les variants Delta et Omicron a été détectée chez 25 Chypriotes, dont 11 étaient hospitalisés pour une infection au coronavirus et 14 personnes étaient issues de la population générale. "La fréquence des mutations était plus élevée chez les personnes hospitalisées, ce qui pourrait signifier qu'il existe une corrélation entre le Deltacron et les hospitalisations", a-t-il ajouté. En clair, cette souche, identifiée à Chypre, pourrait davantage s’attaquer aux patients admis à l’hôpital pour des formes sévères de Covid-19.

Leondios Kostrikis et son équipe ont indiqué que les séquences génétiques des 25 cas de "Deltacron" ont été envoyées à la base de données internationales sur les virus, GISAID. "Nous verrons à l'avenir si cette souche est plus pathologique ou plus contagieuse ou si elle l'emportera" sur les variants Delta et Omicron, a conclu le professeur chypriote.

Une erreur de manipulation

Après cette annonce, des scientifiques ont fait part de leurs doutes sur l’existence du variant "Deltacron" et ont expliqué que ce dernier pourrait être le fruit d’une mauvaise manipulation dans un laboratoire. C’est le cas de Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres. "Les séquences chypriotes 'Deltacron' dont parlent plusieurs médias semblent être assez clairement une contamination – elles ne se regroupent pas sur un arbre phylogénétique", a-t-il écrit sur Twitter.

En clair, les échantillons de personnes infectées par le variant Omicron, et d’autre part par la souche Delta, pourraient s’être retrouvés par erreur dans la même analyse. "Les vrais recombinants n'ont tendance à apparaître que quelques semaines, voire quelques mois, après la circulation simultanée de plusieurs variants. Cela ne fait qu’un peu plus de deux semaines qu’Omicron circule, je doute qu’il y ait pu déjà avoir des recombinaisons", a poursuivi le virologue.

Interrogé par Le Parisien, Étienne Simon-Lorière, responsable de l’unité de génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur, a confirmé l’analyse de Tom Peacock qu’il a jugé "très bonne". "La distribution dans l’arbre de ces séquences est révélatrice, et ces problèmes de séquençage sont très fréquents, y compris avec Omicron", a-t-il déclaré.

Ce 9 janvier, le professeur Leondios Kostrikis a tenu à répondre à Tom Peacock. Il "réfute les déclarations sans preuves selon lesquelles Deltacron est le résultat d'une erreur technique", a rapporté l’agence Bloomberg. D’après le Chypriote, les cas de "Deltacron" identifiés "indiquent une pression évolutive sur une souche ancestrale pour acquérir ces mutations et non le résultat d’un seul événement de recombinaison".

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