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QUESTION D'ACTU

Série "Covid-19 : quel bilan ?"

Covid-19 : combien de fois le virus a-t-il muté en France ?

À l'approche de la nouvelle année, Pourquoi docteur vous propose de faire le point sur douze mois de pandémie avec notre nouvelle série : "Covid-19 : quel bilan ?" Aujourd'hui, focus sur les différents variants du SARS-CoV-2 recensés en France. 

Covid-19 : combien de fois le virus a-t-il muté en France ? peterschreiber.media/istock

  • Publié le 30.12.2021 à 18h30
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L'ESSENTIEL
  • Un variant est le produit de plusieurs mutations d’un virus.
  • D'autres variants ont été recensés dans le monde, mais ils n'ont pas été détectés en France.
  • Actuellement, l'OMS a placé une quinzaine de variants sous surveillance.

Tous les virus mutent avec le temps, rappelle l’Organisation mondiale de la santé, et le nouveau coronavirus n’est pas épargné. Depuis les premiers cas recensés, il a pris de nouvelles formes, parfois plus contagieuses, parfois plus agressives.

Chacun des variants de la Covid-19 est classé selon son niveau de dangerosité, défini par l’OMS : un variant peut être dit préoccupant (VOC en anglais pour variant of concern). Selon Santé Publique France, les variants sont dits préoccupants lorsqu’ils sont associés à une augmentation de la transmissibilité, à une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique, à une diminution de l’efficacité des mesures de contrôle mises en place (mesures de prévention, tests diagnostiques, vaccins, molécules thérapeutiques) ou s’ils ont été classés comme tels par l’OMS. Un variant est à suivre lorsqu’il a été détecté dans un cluster ou dans plusieurs autres pays. Enfin, il peut être en cours d’évaluation lorsque les données virologiques et cliniques sont insuffisantes. 

Décembre 2020 : des premiers cas de variant Alpha à Tours 

Dès septembre 2020, un premier variant est détecté outre-Manche. Le variant anglais, nom qu’on lui a donné au départ, est progressivement devenu majoritaire en France. Selon différentes études, ce nouveau variant est plus mortel que le coronavirus originel, et il est aussi plus contagieux. Il n’a pas été détecté en France depuis le 29 octobre dernier. 

Hiver 2021 : le variant Bêta, une faible présence en France

Le variant Bêta a d’abord été repéré en Afrique du Sud avant de se propager dans le monde. En France, il n’a jamais été majoritaire : au maximum, il a représenté 16% du total des échantillons séquencés. Son principal risque concerne la vaccination : le virus est plus résistant face au sérum d’AstraZeneca, mais les autres vaccins conservent une efficacité identique à celle observé contre Alpha. Le variant Bêta a été repéré pour la dernière fois dans des échantillons datés de la mi-août 2021. 

Printemps 2021 : quelques cas liés au variant Gamma

Ce variant du coronavirus a d’abord été identifié au Brésil. Détecté ensuite en France, le nombre de cas est resté minoritaire en comparaison aux autres variants du virus. Parmi ses mutations, deux sont jugées inquiétantes par la communauté scientifique : celle qui lui permet d’échapper aux anticorps, dans le cas d’une personne déjà infectée ou d’une personne vaccinée, et l’autre qui le rend plus transmissible, entre +30 et +60% en comparaison aux autres variants. Depuis la mi-septembre 2021, ce variant n’a pas été recensé en France. 

Été 2021: le variant Delta s’installe progressivement

En Inde, le variant Delta a provoqué une vague importante de contaminations dans le pays. Au début de l’été 2021, les cas se multiplient en France, jusqu’à ce qu’il devienne majoritaire dans le pays. En novembre, le variant Delta représente 99,8% des séquences analysées selon Santé Publique France. Il est associé à une plus grande transmissibilité : l’OMS l’estime deux fois plus contagieux que les précédents variants, et a un risque plus élevé d’hospitalisation et de décès. Les scientifiques ont confirmé l’efficacité des vaccins contre le variant Delta. 

Décembre 2021 : le variant Omicron déferle en France

Les premiers signalements d’Omicron sont effectués en novembre en Afrique du Sud. Peu de temps après, un cas est enregistré sur l’île de La Réunion, puis d’autres suivent dans différentes régions françaises. Au total, ce variant présente une cinquantaine de mutations et une plus grande transmissibilité. "Ce variant peut échapper à une immunité antérieure – il peut donc infecter les personnes qui ont déjà eu la Covid-19, celles non vaccinées et celles vaccinées il y a plusieurs mois, a expliqué l’un des médecins de l’OMS, le Dr Hans Kluge. Les personnes qui se sont remises de la Covid-19 sont 3 à 5 fois plus susceptibles d’être réinfectées par Omicron que par Delta." Au 30 décembre, le variant Omicron est devenu majoritaire dans 23 départements français.

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