Le SARS-CoV-2 est-il vraiment un nouveau coronavirus ? Une recherche de l’Institut Pasteur de Phnom Penh au Cambodge sème le doute. Depuis plusieurs mois, les scientifiques de ce centre analysent des échantillons issus de prélèvements sur des animaux sauvages, dans le cadre des recherches globales sur l’origine de la pandémie. Vendredi 5 février, ils révèlent dans un communiqué qu’un coronavirus proche de celui qui circule actuellement a été détecté chez des chauves-souris dès 2010. 

Un génome semblable à 83% à celui de SARS-CoV-2 

Des prélèvements ont été réalisés en 2010 sur des chauves-souris de l’espèce Rhinolophus shameli, dans le nord du Cambodge, au sein de la région du temple de Preah Vihear. "Ce genre de chauve-souris intéresse au plus haut point les scientifiques, car il constitue le réservoir des Sarbecovirus, le groupe de la famille des coronavirus contenant les virus humains SARS-CoV et SARS-CoV-2, respectivement responsables de l’épidémie de SRAS en 2002-2004 et de l’actuelle pandémie de Covid-19", explique Alexandre Hassanin, maître de conférence à Sorbonne Université, au Muséum national d’histoire naturelle et co-auteur de cette nouvelle étude, dans un article pour The Conversation. 

Pendant dix ans, les échantillons ont été conservés à -80°C. Les chercheurs de l’Institut Pasteur du Cambodge les ont récemment testés grâce à un PCR. Les résultats ont été positifs. Les échantillons ont été envoyés à l’Institut Pasteur de Paris pour réaliser un séquençage complet de leur génome : les deux virus identifiés partagent 92,9% de leur identité génomique avec le SARS-CoV-2. "Ils ont été nommés RshSTT182 et RshSTT200, "Rsh" faisant référence à l’espèce de chauve-souris et "STT" à la province d’origine", raconte Alexandre Hassanin. C’est la première fois qu’une souche de virus proche du SARS-CoV-2 est identifiée en dehors de la Chine. 

Pas de contamination entre humain et chauve-souris

"Cette découverte pourrait être cruciale pour comprendre le processus de transmission entre les animaux et les humains, et la diversité de cette famille de virus", soulignent les chercheurs. Ces spécialistes de l’Institut Pasteur du Cambodge précisent toutefois que parmi les différents cas de Covid-19 identifiés dans le pays, tous sont liés à une importation du virus, aucun ne provient d’une contamination par une chauve-souris. En revanche, les chercheurs supposent que des pangolins ont pu être contaminés par des chauves-souris en Asie du Sud-Est, car ces deux espèces peuvent co-habiter dans des grottes. Par ailleurs, les pangolins sont gardés en captivité en Chine, ce qui a pu faciliter la transmission du virus.