Les nouveaux variants SARS-CoV-2 inquiètent, notamment par leur caractère plus contagieux. Pour les différencier du coronavirus “originel”, les scientifiques doivent procéder au séquençage du virus chez les personnes infectées. Ces variants ne peuvent être formellement identifiés que par le séquençage de leur ARN qui compose leur matériel génétique.

Les Britanniques et les Danois, champions du séquençage

La France est très loin des Britanniques et des Danois, champions d’Europe en séquençage des échantillons de tests PCR positifs. “Les Britanniques séquencent 10 % de leur population contaminée par le Covid-19, les Danois 5 %, et nous moins de 1 %”, regrette Gilles Pialoux, chef du service des maladies infectieuses à l’hôpital Tenon, à Paris, à 20 Minutes. Un séquençage prend environ 3 jours, un délai long qui s’ajoute à la nécessité d’avoir des échantillons qui ont une charge virale importante, ce qui n'est pas toujours le cas. Autre soucis, les prélèvements ne sont parfois plus disponibles puisque les laboratoires ne conservent les prélèvements que 7 jours du fait de leur capacité de stockage limitée. Des directives ont été transmises aux laboratoires afin de repérer les cas suspects et de les conserver un maximum. “Il y a 46 laboratoires hospitaliers en capacité de séquençage mobilisés actuellement”, révèle Bruno Coignard directeur des maladies infectieuses à Santé Publique France.

Autre souci, pour le variant britannique, une technique spécifique de PCR suffit alors que la procédure est plus compliquée pour celui venu d’Afrique du Sud. Certains tests PCR, avec un réactif particulier (le Thermo Fisher), permettent d’avoir une suspicion de la présence du variant anglais, et donc de faire une première sélection, ce qui n’est pas possible à l’heure actuelle avec les autres variants. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a récemment souligné la nécessité de développer des tests RT-PCR multiplex, capables de détecter simultanément plusieurs cibles sur le génome viral. Deux équipes américaines ont annoncé avoir commencé à travailler sur une stratégie de dépistage RT-PCR visant à distinguer le variant britannique et le variant sud-africain.

L’appel de l’OMS pour séquencer un maximum

Le variant britannique, baptisé VOC 202012/01, a été repéré pour la première fois le 20 septembre dernier à Kent, dans le sud-est de l’Angleterre avant d’être officiellement reporté à l’OMS mi-décembre. Aujourd’hui, il circule dans plus de 50 pays et l’Inserm estime qu’il sera dominant en France “d’ici fin février à la mi-mars”. Depuis, au moins deux autres variants sont apparus : le premier venu d’Afrique du Sud et le second du Brésil. Si les données sur ces différents variants sont encore insuffisantes, il apparaît qu’ils sont tous plus contagieux et compliquent la lutte contre la propagation du virus. Les premières études sur le variant britannique estiment qu’il est 40% à 70% plus transmissible. L'efficacité des vaccins pourrait être remis en cause, notamment sur le variant brésilien.

Dans son dernier bulletin épidémiologique hebdomadaire, l’OMS recommande qu’un séquençage systématique soit envisagé pour une fraction des voyageurs entrant dans un pays et que des prélèvements soient effectués dans la population générale afin de vérifier l’existence et l’étendue de la transmission locale des virus. “L’étendue géographique des deux variants anglais VOC 202012/01 et sud-africain 501Y.V2 est probablement sous-estimée dans la mesure où celle-ci dépend des possibilités de séquençage des pays et territoires ou zones ainsi que de la capacité de leurs systèmes de surveillance (sur le plan des tests diagnostiques PCR) à détecter ces nouveaux variants”, indique l'Organisation.

Organiser les prochaines stratégies de lutte contre le virus

Certains laboratoires français sont en train de s’équiper de plateformes capables de séquencer 200 génomes par semaine. “Pour accélérer cette traque, il faut des moyens et une gouvernance nationale”, abonde Gilles Pialoux. En Angleterre, il y a une organisation centralisée du séquençage avec un consortium qui permet de rassembler toutes les données remontées par les laboratoires du pays, les analyser et les diffuser en temps réel. “Pour les financements, on nous a dit qu'il y aurait 10 millions d'euros qui seraient pour le séquençage. On l'espère, parce qu'il ne s'agit pas de faire un travail pour un mois ou deux”, affirme le généticien Philippe Froguel sur Franceinfo, en forme de message au gouvernement. Pour organiser le séquençage à grande échelle, une nouvelle agence vient d'être mise sur pied : l'ANRS maladies infectieuses émergentes.

Savoir précisément comment circule les différents variants va permettre de diriger la stratégie de lutte contre le virus. “L'important, c'est de savoir combien il y en a sur le territoire français parce que ça va conditionné notre statégie dans les trois mois qui viennent”, a déclaré l'épidémiologiste et membre du Conseil scientifique Arnaud Fontanet à BFM TV.