La sensibilité aux infections virales respiratoires varie considérablement selon les personnes. Étant donné que le microbiome intestinal a un impact sur la fonction immunitaire, des chercheurs de l’université d'État de Géorgie (États-Unis) ont décidé d’analyser comment les différences entre les espèces microbiennes spécifiques présentes dans les intestins peuvent avoir un impact sur les résultats des infections virales respiratoires. Pour cela, l’équipe a suivi des souris présentant de légères différences dans le microbiote intestinal et des rongeurs présentant ou non des bactéries filamenteuses segmentées. La charge virale dans les poumons a été mesurée plusieurs jours après l’infection.

Grippe, Covid-19, bronchiolite : les bactéries filamenteuses segmentées protégeaient contre les infections

D’après les résultats, publiés dans la revue Cell Host & Microbe, la charge virale variait considérablement en fonction de la composition du microbiote des différents groupes d’animaux. Dans le détail, les bactéries filamenteuses segmentées, acquises naturellement ou administrées de manière exogène, protégeaient les animaux contre l’infection provoquée par le virus de la grippe. Une telle protection s'appliquait également au virus respiratoire syncytial (VRS), responsable de la bronchiolite, et au virus SARS-CoV-2, qui est à l’origine de l’infection à la Covid-19. Les auteurs ont constaté que les bactéries filamenteuses segmentées avaient besoin de cellules immunitaires dans les poumons, appelées "macrophages alvéolaires résidant à la base", pour maintenir cette protection.

Chez les rongeurs n’ayant pas de bactéries filamenteuses segmentées, les macrophages alvéolaires résidant à la base étaient rapidement épuisés à mesure que l’infection par le virus respiratoire progressait. Cependant, chez les souris présentant cette espèce bactérienne, les macrophages alvéolaires résidant à la base ont été modifiés pour résister à l'épuisement de l'infection par le virus de la grippe et à la signalisation inflammatoire. Elles ont également désactivé le virus de la grippe, en activant un composant du système immunitaire appelé "système du complément".

"Des implications majeures pour l'évaluation du risque d'évolution d'un patient vers une maladie grave"

"Nous trouvons remarquable que la présence d'une seule espèce bactérienne, parmi les milliers d'espèces microbiennes différentes qui peuplent l'intestin de la souris, ait un impact aussi fort sur les modèles d'infection causée par un virus respiratoire et que cet impact soit largement attribuable à la reprogrammation des macrophages alvéolaires résidant à la base. S'ils sont applicables aux infections humaines, ces résultats auront des implications majeures pour l'évaluation du risque d'évolution d'un patient vers une maladie grave", a conclu le Dr Richard Plemper, co-auteur de l'étude.