Dans une récente étude publiée dans la revue Science of The Total Environnement, des scientifiques de l’Université de Laval (Canada) et de l’Université Clermont-Auvergne (France) ont observé que les nuages sont une voie importante de dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques. 

Entre 5% et 50% des bactéries présentes dans les nuages sont vivantes et potentiellement actives

Pour parvenir à cette conclusion, les équipes ont échantillonné des nuages au sommet du Puy de Dôme, en France, à 1.465 mètres d’altitude. Près de douze séances d’échantillonnage de nuages ont été réalisées au cours de deux années. Elles ont été effectuées grâce à deux appareils : un impacteur à nuages, qui permet de récolter des micro-gouttelettes d’eau en suspension, et un aspirateur à haut débit, qui permet de fixer les acides nucléiques présents dans les nuages.

Selon les résultats d’analyse, les nuages contenaient, en moyenne, 8.000 bactéries par millilitre d'eau de nuage. "Les bactéries qui s'y trouvaient vivent habituellement à la surface de la végétation ou dans le sol (…) Elles sont mises en aérosols par le vent ou par des activités humaines, et une partie d'entre elles monte dans l'atmosphère et participe à la formation des nuages. Les concentrations que nous avons mesurées sont très variables. Elles vont de 330 à 30.000 bactéries par millilitre d'eau de nuage. Entre 5% et 50% de ces bactéries sont vivantes et potentiellement actives", a indiqué Florent Rossi, premier auteur de l'étude et postdoctorant au Département de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique de l'Université Laval et au Centre de recherche de l'Institut universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec. 

Près de 9 sous-types de gènes de résistance aux antibiotiques identifiés 

Lors de l’étude, les chercheurs ont également déterminé la trajectoire et l’altitude des masses d’air associées aux nuages au cours des 72 heures précédant l’échantillonnage. Ils ont ainsi identifié deux types de nuages : les nuages océaniques, qui provenaient directement de l'océan Atlantique, et les nuages continentaux, qui avaient davantage circulé au-dessus des terres et qui avaient été exposés aux environnements locaux. 

"Nos échantillons contenaient, en moyenne, 20.800 copies de gènes de résistance aux antibiotiques par millilitre d'eau de nuage. Nous y avons détecté 29 sous-types de gènes de résistance aux antibiotiques. Les nuages océaniques et les nuages continentaux ont chacun une signature de gènes de résistance aux antibiotiques qui leur est propre. Ainsi, les nuages continentaux contiennent davantage de gènes de résistance à des antibiotiques utilisés en production animale", a précisé Florent Rossi. 

Comme l’a expliqué le scientifique, le transport aérien de gènes de résistance antibiotique est un phénomène naturel, mais l’utilisation fréquente d’antibiotiques en agriculture et en médecine a favorisé la propagation de ces souches résistantes. "Notre étude montre que les nuages sont une voie de dispersion importante des gènes de résistance aux antibiotiques, sur de courtes et sur de longues distances. Idéalement, nous aimerions pouvoir localiser les sources d'émission attribuables aux activités humaines afin de limiter la dispersion de ces gènes", ont noté les chercheurs dans un communiqué de l’Université de Laval.