Afin de recenser de nouvelles bactéries, des chercheurs de l’Université de Bâle (Suisse) et de l’Hôpital universitaire de Bâle ont collecté et analysé des échantillons renfermant des agents pathogènes inconnus. Ils ont alors déterminé plus de trente nouvelles espèces bactériennes, dont certaines sont associées à des infections cliniquement pertinentes.

Près de 61 bactéries pathogènes inconnues examinées

Pour les besoins de cette recherche publiée dans la revue BMC Microbiology, les scientifiques ont analysé 61 bactéries pathogènes inconnues identifiées dans des échantillons de sang ou de tissus provenant de patients souffrant de diverses pathologies. Les techniques d’analyse classiques, comme la spectroscopie de masse ou le séquençage d'une petite partie du génome bactérien, n’ont pas permis d'obtenir des résultats pour tous les agents pathogènes. Les auteurs de l’étude ont alors séquencé le matériel génétique complet des bactéries, et ont ensuite comparé les séquences génomiques identifiées avec des souches connues.

D’après les résultats, 35 des 61 bactéries analysées étaient inconnues avant la recherche. Une évaluation des données relatives aux patients a montré que sept des 35 nouvelles souches étaient cliniquement pertinentes, c'est-à-dire qu'elles pouvaient provoquer des infections bactériennes chez l'homme. "Des liens aussi directs entre les espèces de bactéries nouvellement identifiées et leur pertinence clinique ont rarement été publiés dans le passé", a noté le Docteur Daniel Goldenberger, auteur de l’étude et microbiologiste. Les 26 souches restantes ont été classées comme difficiles à identifier, c’est-à-dire que leurs séquences génomiques n'avaient été ajoutées aux bases de données que récemment, ou qu'une description taxonomique correcte des agents pathogènes n'avait été créée que très récemment.

Découverte de nouvelles bactéries : une amélioration des prises en charge

Parmi les espèces bactériennes nouvellement découvertes, la majorité appartient aux genres Corynebacterium et Schaalia, deux bacilles à Gram positif. "De nombreuses espèces de ces deux genres sont présentes dans le microbiote naturel de la peau humaine et des muqueuses. C'est pourquoi elles sont souvent sous-estimées et que les recherches à leur sujet sont rares", ont indiqué les chercheurs. Néanmoins, ces bactéries peuvent provoquer des infections lorsqu’elles pénètrent dans la circulation sanguine en raison, par exemple, d’une tumeur.

Les scientifiques ont également constaté qu’un des agents pathogènes difficile à identifier pourrait avoir une importance clinique. Il a notamment été décelé dans le pouce enflammé d’un patient à la suite d’une morsure de chien. Un groupe de recherche canadien avait récemment isolé cette bactérie dans des plaies causées par des morsures de chien ou de chat. "Cela nous a amenés à penser qu'il s'agit d'un pathogène émergent que nous devons surveiller", a prévenu le Docteur Daniel Goldenberger.

À l’heure actuelle, l’équipe suisse continue de collecter et de séquencer systématiquement les agents pathogènes inconnus trouvés dans les échantillons des patients de l'hôpital universitaire de Bâle. "Nous avons remarqué une dynamique importante : grâce aux progrès technologiques en bactériologie, les publications sur les espèces de bactéries nouvellement découvertes sont beaucoup plus nombreuses", a expliqué le Docteur Daniel Goldenberger. Aux yeux des chercheurs, ces résultats permettront de diagnostiquer plus facilement les infections causées par des agents pathogènes rares et de les traiter efficacement.