Lors de l’hiver 2022-2023, une triple épidémie de Covid-19, de grippe et de bronchiolite a frappé la France, et a entraîné une saturation des services hospitaliers. En prévision du prochain hiver, Santé publique France prévoit une surveillance intégrée des trois infections respiratoires. Les eaux usées vont notamment être analysées pour compléter le suivi de ces trois pathologies. 

Un suivi des eaux usées pour déceler des traces de Covid-19

Au début de la pandémie, des échantillons d’eaux usées ont été étudiés, afin de déceler des traces de la Covid-19, qui voyage des selles des patients via les toilettes jusqu’aux stations d’épuration. "En effet, si le virus se multiplie dans les voies respiratoires, il est aussi excrété en quantités importantes dans les selles chez une vaste proportion de sujets symptomatiques et non symptomatiques", avait noté Vincent Maréchal, directeur du réseau Obépine, qui avait démontré l’utilité de mesurer les niveaux de circulation du SARS-CoV‑2 dans les eaux usées pour surveiller sa circulation, à l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm).  

Le 5 octobre, Caroline Semaille, directrice générale de Santé publique France, a indiqué que Sum’Eau, un dispositif de surveillance microbiologique des eaux usées, est désormais employé pour suivre l'évolution de la Covid-19. Ce système est, dans un premier temps, utilisé pour détecter le SARS-CoV-2, puis il servira pour la grippe et la bronchiolite d’ici les prochains mois, afin de "mieux évaluer le fardeau des virus de l’hiver en santé publique et sur le système de soins", a-t-elle expliqué lors d’une conférence de presse.  

Surveillance des eaux usées : en pratique, comment cela fonctionne ? 

Dans le cadre du dispositif Sum’Eau, un prélèvement hebdomadaire est effectué dans douze stations de traitement des eaux usées (STEU), qui sont localisées à Dijon, Grenoble, Lille, Marseille, Nancy, Nantes, Orléans, Paris, Pau, Rennes, Rouen et Toulouse. Le laboratoire national de référence réalise ensuite les analyses microbiologiques pour identifier, et si besoin, quantifier la présence du virus SARS-CoV-2.

"Les résultats sont transmis à Santé publique France pour la production d’indicateurs qui permettent d’estimer la circulation du virus sur le territoire et d’observer les tendances. Cette surveillance s’inscrit dans le cadre du dispositif national de surveillance microbiologique des eaux usées (dispositif SUM’EAU), mis en œuvre à l’initiative de la Direction générale de la santé et de la Direction de l’eau et de la biodiversité. Elle a vocation à rapidement s’élargir à d’autres stations de traitement des eaux usées", peut-on lire dans un communiqué de Santé publique France. 

Les premières données de Sum’Eau ont été dévoilées le 5 octobre. Elles ont démontré un net rebond de l’épidémie de Covid-19 en France depuis l’été, mais la propagation de la maladie est moins forte qu’à la fin de l’année dernière.