Autorité publique indépendante à caractère scientifique, la Haute autorité de santé a été en 2004  « afin d’assurer à tous les patients et les usagers un accès pérenne et équitable à des soins aussi efficaces, sûrs et efficients que possible ».

 L’action de la HAS s’appuie sur trois principes :

L’indépendance
 des avis et recommandations de la HAS est garantie par :
- le statut de la HAS (« autorité publique indépendante ») et l’absence de tutelle ministérielle ;
- l’autonomie financière ;- le mode de désignation des membres du Collège, nommés sur proposition des plus hautes autorités de l’Etat par décret du Président de la République ;
- la diversité et la représentativité professionnelle des membres ;
- l’abandon de leurs autres mandats et l’interdiction des conflits d’intérêt ;
- la pratique de la collégialité dans les processus de validation et de prise de décision.

La rigueur scientifique
 Les avis rendus et les recommandations élaborés par la HAS sont fondés sur des arguments scientifiques, particulièrement sur la notion de « niveau de preuve scientifique », ainsi que sur des études économiques, sociologiques, démographiques, etc. 
Ces avis et recommandations s’appuient sur les données scientifiques les plus actuelles et reflètent l’état des connaissances à un moment donné. Elles sont réalisées à l’aide d’une méthode rigoureuse, explicite, reproductible et sans a priori, c’est-à-dire ne s’appuyant pas sur une opinion déjà constituée. Le doute formulé est le reflet du doute des scientifiques.

Transversalité
 Les missions confiées à la HAS portent sur toute l’organisation des soins. La HAS procède à des comparaisons de produits, de techniques, de pratiques professionnelles, de structures et d’organisation, etc., ce qui lui permet de proposer aux professionnels un panel d’outils d’amélioration de la qualité portant sur l’ensemble des soins. En fonction des problématiques et des thèmes abordés, la HAS fait appel à l’expertise d’autres organismes de santé.

La HAS est composée d'un collgèe de 8 membres qui s'appuie sur 410 salariés et 3000 collaborateurs.

Les ressources de la HAS s'élèvent à 67,3 M€ pour l'année 2011. Elles sont constituées par des subventions à hauteur de 91% (État 11,98%, CPAM 39,37%, ACOSS 39,72%), les ressources propres de la HAS proviennent de taxes sur les médicaments et les dispositifs médicaux (6,1%).